王喜軍教授在建立中藥血清藥物化學研究方法的基礎上，整合代謝組學的理念和技術，開展中醫證候和方劑整體療效評價及藥效物質基礎研究，提出中醫方證代謝組學這一新的研究方法和技術體系，即用代謝組學進行中醫證候生物標志物的確定，通過方劑對證候標志物的影響評價方劑的整體效應；用血清藥物化學研究方法研究中藥方劑服用后體內的化學成分，并將體內成分與標志物相關聯，進而闡明方劑的藥效物質基礎。中醫方證代謝組學是將中藥血清藥物化學和代謝組學有機結合，在解決證候生物標記物的基礎上，建立方劑藥效生物評價體系，進而發現與臨床療效直接相關的藥效物質基礎，闡明作用機制的方法學體系。為中藥藥效評價及藥效物質基礎的發現提供了新途徑，尤其是建立了挖掘中醫藥療效的科學價值，從而使中醫藥能夠與現代科學對話的有效途徑。
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