第一章 系統(tǒng)生物學是新一代臨床醫(yī)學研究的范式 1
1.1 臨床研究為什么需要系統(tǒng)生物學 1
1.2 臨床系統(tǒng)生物學的定義：復雜生物系統(tǒng)的研究哲學 2
第二章 經(jīng)典臨床統(tǒng)計學的困境與范式轉(zhuǎn)變 5
2.1 經(jīng)典臨床統(tǒng)計學派及對近二十年臨床研究的影響 5
2.2 第一代循證醫(yī)學方法論的困惑 7
2.3 概率——學習樸素貝葉斯分布 19
第三章 醫(yī)學科學研究的哲學：從解剖學到系統(tǒng)生物學的演進 35
3.1 醫(yī)學研究哲學：對疾病的認識及臨床醫(yī)學研究的緣起 35
3.2 本體論及其對生物醫(yī)學研究哲學的影響 40
第四章 進化生物學與疾病研究：進化醫(yī)學的發(fā)展——以病毒準種為例 44
4.1 什么是進化 44
4.2 為什么進化生物學對于疾病研究十分重要 45
4.3 準種進化研究在傳染病預(yù)防和治療上的意義 49
第五章 經(jīng)典藥物研發(fā)面臨的困境和挑戰(zhàn) 53
第六章 醫(yī)學發(fā)表體系與醫(yī)學研究的困境 58
6.1 CNS對數(shù)據(jù)分析的導向性 59
6.2 大數(shù)據(jù)時代論文發(fā)表體制的變革之道 60
第七章 分析醫(yī)學：數(shù)據(jù)科學、物理學和臨床醫(yī)學的新綜合 62
7.1 分析醫(yī)學的源起：腫瘤研究的困境 62
7.2 經(jīng)典腫瘤研究的哲學基礎(chǔ) 63
7.3 分析醫(yī)學：哲學基礎(chǔ)與概念框架 64
7.4 分析醫(yī)學：數(shù)學概念與框架模型 65
7.5 腫瘤分析醫(yī)學的發(fā)展路線圖 67
7.6 結(jié)論 68
第八章 醫(yī)療大數(shù)據(jù) 70
8.1 醫(yī)療信息化 70
8.2 醫(yī)療數(shù)據(jù)綜述 73
8.3 醫(yī)療大數(shù)據(jù)基礎(chǔ)架構(gòu) 74
8.4 醫(yī)療大數(shù)據(jù)分析 85
8.5 醫(yī)療大數(shù)據(jù)的展望 89
第九章 臨床數(shù)據(jù)挖掘 93
9.1 什么是臨床數(shù)據(jù)挖掘：基本理論與概念 93
9.2 數(shù)據(jù)挖掘的基本思路 95
9.3 臨床數(shù)據(jù)挖掘的目的 96
9.4 臨床數(shù)據(jù)挖掘的過程 96
9.5 數(shù)據(jù)挖掘與示例一 104
9.6 數(shù)據(jù)挖掘與示例二：分類挖掘 113
第十章 R語言：下一代生物醫(yī)學研究和臨床數(shù)據(jù)挖掘的重要工具 142
10.1 R語言概述 142
10.2 R語言基礎(chǔ)與入門 145
10.3 數(shù)據(jù)庫初步 186
10.4 R語言在臨床數(shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用 190
10.5 高維數(shù)據(jù)的生存分析方法 197
10.6 創(chuàng)傷數(shù)據(jù)庫與分析 207
第十一章 MATLAB語言：生物醫(yī)學中數(shù)據(jù)處理和建模研究的另一重要工具 217
11.1 MATLAB軟件系統(tǒng)構(gòu)成 218
11.2 MATLAB中的函數(shù) 220
第十二章 代謝組學：系統(tǒng)生物醫(yī)學研究的一種范式 223
12.1 臨床代謝組學的過去、現(xiàn)在與未來 223
12.2 1H￣NMR代謝組學的分析流程：從實驗到數(shù)據(jù)處理的常規(guī)操作 227
12.3 創(chuàng)傷后隨時間變化的代謝指紋圖譜模式識別 239
12.4 從代謝型到復雜代謝網(wǎng)絡(luò)分析 248
12.5 代謝組學研究的**應(yīng)用 250
12.6 混合物解譜的挑戰(zhàn) 252
第十三章 代謝表型在惡性腫瘤與急危重病研究中的應(yīng)用 258
13.1 食管癌患者術(shù)前病理分期預(yù)測模型的研究 258
13.2 基于血漿1H-NMR波譜的急危重癥患者死亡早期預(yù)測模型 264
第十四章 轉(zhuǎn)錄組學研究：從測序數(shù)據(jù)處理到基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析 282
14.1 測序數(shù)據(jù)處理 282
14.2 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析 288
第十五章 基于模式識別建立的動脈鈣化影像計算機輔助診斷系統(tǒng) 298
15.1 材料與方法 298
15.2 結(jié)果 301
15.3 討論 302
后記 305
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