第一章 概述
第一節 基因測序的歷史
第二節 基因測序技術進展
一、第一代基因測序技術
二、第二代基因測序技術
三、第三代基因測序技術
第三節 基因測序的應用
參考文獻
第二章 雙脫氧測序法
第一節 雙脫氧鏈終止法的概念與原理
一、雙脫氧鏈終止法的概念
二、雙脫氧鏈終止法的原理
第二節 雙脫氧鏈終止法的操作步驟
一、變性雙鏈模板的制備
二、延伸和終止反應
第一章 概述
第一節 基因測序的歷史
第二節 基因測序技術進展
一、第一代基因測序技術
二、第二代基因測序技術
三、第三代基因測序技術
第三節 基因測序的應用
參考文獻
第二章 雙脫氧測序法
第一節 雙脫氧鏈終止法的概念與原理
一、雙脫氧鏈終止法的概念
二、雙脫氧鏈終止法的原理
第二節 雙脫氧鏈終止法的操作步驟
一、變性雙鏈模板的制備
二、延伸和終止反應
三、測序反應物電泳和序列讀取
參考文獻
第三章 RNA測序
第一節 轉錄組概念及研究意義
一、轉錄組概念
二、轉錄組研究的意義
第二節 RNA測序技術方法
一、表達序列標簽技術
二、表達系列分析技術
三、新一代高通量測序技術（RNAseq）
四、單分子測序技術
小結
參考文獻
第四章 合成法DNA測序的集成系統
第一節 Roche/454 FLX測序的基本原理及操作流程
一、背景介紹
二、454測序法的原理
三、454生命科學皮升級測序系統流程
四、應用前景
第二節 Illumina/Solexa Genome Analyzer測序的基本原理及操作流程
一、Illumina/Solexa Genome Analyzer測序的基本原理
二、Illumina/Solexa Genome Analyzer測序的操作流程
三、Illumina/Solexa Genome Analyzer測序的技術優勢
四、Illumina/Solexa Genome Analyzer測序的應用
第三節 Applied Biosystems SOLiD system
一、Applied Biosystems SOLiD system測序的基本原理
二、Applied Biosystems SOLiD system測序的操作流程
三、Applied Biosystems SOLiD system測序的技術優勢
四、Applied Biosystems SOLiD system測序的應用
小結
參考文獻
第五章 全基因組水平的單分子測序
第一節 單分子測序簡介
一 、單分子測序技術的出現
二、單分子測序技術的分類
第二節 Heliscope單分子測序技術
一、基本原理
二、tSMS技術流程
三、Heliscope單分子測序技術的特點
第三節 單分子實時技術
一、基本原理
二、smrt技術流程
第四節 納米孔單分子技術
一、基本原理
二、納米孔測序技術的特點
三、納米孔測序技術要面臨的挑戰
小結
一、三代測序技術的對比
二、單分子測序技術的應用
參考文獻
第六章 基因組測序與拼接
第一節 序列拼接簡介
第二節 序列拼接
一、常用算法
二、常用拼接軟件
第三節 基因組組裝
一、組裝策略
二、常見問題
三、組裝結果檢驗
四、組裝后生物信息學分析
第四節 新基因發現
一、基因簡介
二、基因組挖掘
三、發現基因的一般過程
第五節 基因組注釋
小結
參考文獻
第七章 基因測序的應用
第一節 基因組研究
一、 PCR克隆測序驗證
二、突變體檢測
三、新基因組檢測
四、全基因組檢測
五、系統發育及物種鑒定
第二節 臨床研究
一、個體識別——親緣鑒定
二、 SNP關聯分析
三、臨床疾病診斷應用
第三節 食品安全檢測
一、常規微生物檢測
二、突發食品事件檢測
三、轉基因食品檢測
小結
參考文獻
第八章 表觀遺傳測序
第一節 甲基化測序
一、DNA甲基化概述
二、 DNA甲基化測序方法
第二節 ChIP測序
參考文獻
第九章 基因組圖譜
第一節 人類基因組計劃
一、中美英聯合啟動“千人基因組計劃”
二、 “炎黃計劃”
三、 韓國人基因組圖譜
四、日本人基因組圖譜
第二節 癌癥及其他疾病的基因組圖譜
一、癌癥基因組圖譜分析
二、 其他疾病基因組圖譜分析
第三節 經濟作物基因測序圖譜
一、 小麥基因組圖譜
二、木瓜基因組圖譜
三、大豆基因組圖譜
四、馬鈴薯基因組圖譜
五、玉米基因組圖譜
六、草莓基因組圖譜
七、可可樹基因組圖譜
八、高粱基因組圖譜
第四節 模式生物基因測序圖譜
一、 猩猩基因組圖譜
二、 大熊貓基因組圖譜
三、瘧原蟲基因組圖譜
四、 霉菌基因組圖譜
五、擬南芥基因組圖譜
六、水稻基因組圖譜
七、果蠅基因組圖譜
第五節 其他生物基因組測序
一、中國人參基因組圖譜
二、鴨嘴獸基因組圖譜
參考文獻
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