《生命科學(xué)實驗指南系列 RNA納米技術(shù)與治療:方法與方案》主要內(nèi)容是對近年來與RNA納米技術(shù)以及它在納米生物技術(shù)和納米醫(yī)藥的應(yīng)用直接相關(guān)的技術(shù)和實驗室方案的匯編。涉及的主題包括分析RNA結(jié)構(gòu)和性能的各種生物化學(xué)、生物物理和生物信息學(xué)方法;分析RNA結(jié)構(gòu)的多級裝配過程的方法:通過超速離心和高效液相色譜法(HPLC)純化多功能RNA納米顆粒;體內(nèi)RNA納米構(gòu)建物的實時檢測;成像、目標(biāo)定位和治療效應(yīng)模塊分子結(jié)合到RNA支架上;RNA-蛋白質(zhì)納米結(jié)構(gòu)的設(shè)計和特性描述等。
RNA納米技術(shù)是一個涉及材料工程和合成結(jié)構(gòu)生物學(xué)的新領(lǐng)域,是一種新興的生物化學(xué)和納米材料的交叉學(xué)科。
《生命科學(xué)實驗指南系列 RNA納米技術(shù)與治療:方法與方案》各章節(jié)涵蓋的研究方法可供RNA/DNA相關(guān)科學(xué)研究的研究生和博士后研究人員逐步地進行理解和操作。
《生命科學(xué)實驗指南系列 RNA納米技術(shù)與治療:方法與方案》亦可作為關(guān)注RNA納米技術(shù)的從事物理、工程和生命科學(xué)研究的人員的學(xué)習(xí)參考材料。
此書是大家所熟知的“Methods in Molecular Biology”實驗室方案系列叢書的新成員。盡管已出版了一本特刊“Methods”(Volume 54;Issue 2,Page 201-294,2011,Elsevier)和一部著作(RNA Nanotechnology and Therapeutics,2013,CRC出版社),這本書仍是對與RNA納米技術(shù)及其在納米生物技術(shù)和納米醫(yī)藥中的應(yīng)用直接相關(guān)的技術(shù)和實驗室方案的首次匯編。RNA納米技術(shù)(Guo P.Nature Nanotechnology,2010,5:833-842)利用在多層次結(jié)構(gòu)水平的RNA折疊和裝配的模塊化及設(shè)計性來合理設(shè)計并功能化具有不同應(yīng)用的RNA納米顆粒。雖然在15年前自下而上組裝RNA納米技術(shù)的概念就被證明過(Guoeta1.Molecular Cell,1998.2:149),但在這個領(lǐng)域中有意義的進步也只是近5年的事情。為了推進該領(lǐng)域研究邁向新的高度,我們及時編輯出版了這本方法書,供從事物理、工程和生命科學(xué)的研究人員參考。
本書涵蓋的研究方法很廣泛,便于經(jīng)歷過不同科學(xué)訓(xùn)練的研究生和博士后人員分步進行理解與操作。全書內(nèi)容包括:分析核糖核酸(RNA)結(jié)構(gòu)和性能的各種生物化學(xué)、生物物理和生物信息學(xué)方法(第2~4章);分析RNA結(jié)構(gòu)的多級裝配過程的方法(第4、7和10章);通過超速離心和高效液相色譜法(HPLC)(第5和6章)純化多功能RNA納米顆粒;體內(nèi)RNA納米構(gòu)建物的實時檢測(第7、9、10章);成像、目標(biāo)定位和治療模塊結(jié)合到RNA支架上(第8~13章);RNA-蛋白質(zhì)納米結(jié)構(gòu)的設(shè)計和特性描述(第14~16章)。這項任務(wù)的完成得益于在這一領(lǐng)域領(lǐng)先的有關(guān)專家,花費大量時間編寫了各章節(jié),在此,我們向他們表示衷心感謝。同時,由衷感謝Humana出版社/Springer的編輯和制作人員,尤其要感謝的是Methods in Molecular Biology系列叢書的總編輯John Walker先生,是他讓我們下決心著手實施這個計劃。我們很高興這本內(nèi)容豐富的書得以出版,希望各領(lǐng)域的研究者均能從中有所收益。
前言
第1章 RNA納米技術(shù)方法綜述-RNA納米顆粒的合成、純化及特性
1 RNA納米技術(shù)的定義
2 構(gòu)建多功能RNA納米顆粒
2.1 納米顆粒的RNA支架組裝
2.2 合并功能模塊為RNA納米顆粒
3 多功能RNA納米顆粒的純化和特征
3.1 凝膠移位分析
3.2 超速離心法
3.3 高效液相色譜法
3.4 RNA納米顆粒的結(jié)構(gòu)特征
3.5 RNA納米顆粒的功能試驗
4 展望
5 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
第2章 調(diào)查細(xì)菌小調(diào)控RNA自我組裝的多種方法
1 引言
2 材料
2.1 試劑
2.2 緩沖液和溶液
3 方法
3.1 用于聚合作用研究的小非編碼RNA(sRNA)的體外轉(zhuǎn)錄
3.2 電泳分析sRNA的自組裝
3.3 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測和sRNA自組裝最小序列的特征
3.4 熱變性分析
3.5 利用近紅外光譜分析堿基配對
3.6 sRNA組裝的分子成像
3.7 粗提物中sRNA聚合物的檢測
3.8 非編碼sRNA的RT-PCR定量分析
3.9 結(jié)論
4 注釋
致謝
參考文獻(xiàn)
第3章 使用AFM測量包含核糖核苷酸的DNA分子的彈性
1 引言
2 材料
2.1 寡核苷酸
2.2 寡核苷酸上硫醇基的去保護
2.3 原子力顯微鏡底襯的制備
2.4 制備鍍金的羧基修飾的氮化硅懸臂
2.5 在金表面固定DNA底襯
2.6 原子力顯微鏡液體電池
2.7 原子力顯微鏡和配件
3 方法
3.1 制備含核糖核苷一磷酸的DNA寡核苷酸
3.2 制備雙鏈嵌入式.核糖核苷一磷酸DNA基質(zhì)
3.3 制備鍍金羧基修飾氮化硅懸臂及含核糖核苷一磷酸的DNA基質(zhì)的固定化
3.4 用于測量力的原子力顯微鏡的校準(zhǔn)
3.5 原子力顯微鏡液體電池的清潔
3.6 利用原子力顯微鏡力光譜測量雙鏈含核糖核苷一磷酸的DNA的彈性
3.7 數(shù)據(jù)分析
4 注釋
致謝
參考文獻(xiàn)
第4章 RNA納米技術(shù)之銀納米簇:RNA納米顆粒組裝的觀察
以及跟蹤的步驟
1 引言
2 材料
2.1 轉(zhuǎn)錄和RNA納米顆粒組裝成分
2.2 Ag:RNA成分
3 方法
3.1 RNA合成
……
第5章 利用制備性超速離心大規(guī)模純化RNA納米顆粒
第6章 HPLC純化長達(dá)59個核苷酸具有單核苷酸分辨率的RNA適配體
第7章 在原核和真核細(xì)胞中利用具有熱力學(xué)穩(wěn)定基序和熒光模塊的RNA納米顆粒實時檢測RNA的折疊和翻轉(zhuǎn)
第8章 小RNA3'端氧化的熒光標(biāo)記
第9章 RNA納米顆粒對轉(zhuǎn)移性腫瘤靶向定位及給藥的方法和分析
第10章 RNA納米顆粒在腦瘤中靶向給藥的功能性試驗
第11章 適配體介導(dǎo)的納米顆粒相互作用:從寡核苷酸,蛋白質(zhì)復(fù)合體到SELEX篩選
第12章 通過黏性橋組合特異性的適配體-siRNA納米顆粒的方法內(nèi)化B細(xì)胞淋巴瘤
第13章 一種用于在人黑色素瘤細(xì)胞中剪接轉(zhuǎn)換寡核苷酸的功能運輸?shù)母咄亢Y選方法
第14章 RNA-蛋白納米結(jié)構(gòu)的設(shè)計、組裝和評估
第15章 利用CLIP-Seq技術(shù)在病毒中定位RNA和蛋白質(zhì)的相互作用
第16章 用RCAP、RNA交聯(lián)和肽段指紋識別技術(shù)定位蛋白質(zhì)-RNA相互作用
參考文獻(xiàn)
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