本著作以水層-底棲耦合的思路貫穿始終，全書共分十二章，以緒論、渤海的自然環境和渤海營養鹽動力學作為開頭三章，而最后三章是水層-底棲耦合的兩個關鍵過程：攝食過程和生物擾動過程，以及模式的建立，顯示了多學科交叉，中間的六章則是本書的核心，即生物生產力和生物多樣性，既展示了大型底棲動物和小型底棲動物的同步觀測和綜合分析、粒徑譜應用于次級生產力，也看到了傳統生物多樣性與現代分類學多樣性以及與分子多樣性的交叉和融合。實際上，本著作可看作是"渤海生態系統動力學（1997-2001）"水層-底棲耦合部分的延續和拓展，特色明顯，亮點突出。
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