本教材共分11章，包括緒論、微生物的形態與結構、微生物的營養與生長、微生物的代謝、微生物遺傳與育種、微生物分類與命名、微生物生態、微生物與食品釀造、免疫及其在食品中的應用、食品腐敗與食品保藏、微生物與食品安全性。
全書圍繞現代微生物基本理論、基本知識和基本技能及其在食品領域中應用等方面進行了全面、系統的論述，也注意介紹了學科發展的前沿內容，適合各類高等院校食品專業本科學生學習使用，也可供相關科技人員參考。
董明盛，博士，博士生導師，南京農業大學食品科技學院教授，鐘山學者，食品微生物與生物制造研究室主任，江蘇省現代農業產業技術體系乳品加工崗位首席專家，江蘇省學生飲用奶工作委員會委員，中國食品科學技術學會乳酸菌分會理事，南京市食品工業協會副會長，《生物加工過程》《乳品科學與技術》《中國釀造》等期刊編委。長期從事食品微生物基因資源發掘及高密度培養工藝設計與工程化研究。主持國家高技術研究發展計劃（863計劃）、國家科技支撐計劃、國家重點研發計劃、國家自然科學基金項目等30余項。獲省部級科學技術進步獎一等獎3項、二等獎5項。主編出版國家級及省部級規劃教材、面向21世紀課程教材及專著等9部，獲江蘇省高等學校教學獎一等獎1項、二等獎2項。
第四版前言
第一版前言
第二版前言
第三版前言
第1章 緒論
1.1 微生物的概念
1.2 微生物的特點
1.3 微生物學及其分支學科
1.4 食品微生物學的歷史
1.4.1 發現和認識微生物以前的歷史
1.4.2 微生物的發現和微生物學發展的奠基者
1.4.3 食品微生物學發展的歷史
1.5 食品微生物學及其未來
復習思考題
第2章 微生物的形態與結構
2.1 微生物的基本類型
2.2 原核微生物：細菌
2.2.1 細菌的形態、大小和排列
2.2.2 細菌細胞的結構與功能
2.2.3 細菌的繁殖
2.2.4 細菌菌落形態
2.3 真核微生物：真菌
2.3.1 真菌營養體
2.3.2 真菌細胞的結構與功能
2.3.3 真菌的形態
2.3.4 真菌的繁殖及孢子的類型
2.3.5 真菌菌落形態
2.4 非細胞微生物
2.4.1 病毒
2.4.2 亞病毒
復習思考題
第3章 微生物的營養與生長
3.1 微生物的營養
3.1.1 微生物細胞的化學組成
3.1.2 微生物的六大營養素
3.1.3 微生物的營養類型
3.1.4 營養物質進入菌細胞的方式
3.1.5 培養基
3.2 微生物的生長
3.2.1 微生物生長量的測定方法
3.2.2 微生物的群體生長規律
3.2.3 影響微生物生長的因素
3.2.4 控制微生物生長的方法
復習思考題
第4章 微生物的代謝
4.1 概述
4.2 微生物的能量代謝
4.2.1 化能異養菌的生物氧化與產能
4.2.2 自養菌的生物氧化與產能
4.3 微生物的分解代謝與合成代謝
4.3.1 分解代謝與大分子物質的降解
4.3.2 合成代謝、生物大分子肽聚糖等的合成
4.3.3 分解代謝與合成代謝的關系
4.4 微生物的初級代謝和次級代謝
4.4.1 微生物的初級代謝
4.4.2 微生物的次級代謝
4.5 微生物代謝調控
4.5.1 改變細胞膜的通透性
4.5.2 改變微生物的遺傳特性
復習思考題
第5章 微生物遺傳與育種
5.1 微生物遺傳的物質基礎
5.1.1 DNA
5.1.2 RNA
5.1.3 朊病毒
5.2 微生物的基因和基因組
5.2.1 基因
5.2.2 基因組
5.3 質粒
5.3.1 質粒的概念
5.3.2 質粒的命名
5.3.3 質粒的檢測
5.3.4 質粒的大小和復制
5.3.5 質粒的分子結構
5.3.6 質粒的主要類型
5.4 微生物的基因突變與育種
5.4.1 基因突變與育種
5.4.2 遺傳重組與育種
5.5 微生物的基因重組與育種
5.5.1 目的基因的分離
5.5.2 目的基因的導入
5.5.3 重組子的篩選和鑒定
5.6 菌種的保藏與復壯
5.6.1 菌種保藏技術
5.6.2 菌種的退化與復壯
復習思考題
第6章 微生物分類與命名
6.1 微生物分類學原理
6.1.1 微生物分類依據
6.1.2 微生物分類系統
6.2 微生物分類與命名
6.2.1 微生物的分類層次
6.2.2 微生物的命名規則
6.2.3 微生物分類鑒定的方法
6.3 細菌分類系統概要
6.3.1 伯杰氏細菌分類系統
6.3.2 原核生物分類系統
6.3.3 食品中常見的細菌代表屬概要
6.4 真菌分類系統概要
6.4.1 真菌的分類系統
6.4.2 食品中常見的真菌代表屬概要
復習思考題
第7章 微生物生態
7.1 基本概念
7.1.1 生態學與生態系統
7.1.2 微生物生態學與微生物生態系統
7.1.3 種群與群落
7.1.4 微環境
7.1.5 環境梯度與耐受限度
7.1.6 食品中的微生物生態系
7.2 微生物在自然界中的分布
7.2.1 土壤中的微生物
7.2.2 水體中的微生物
7.2.3 空氣中的微生物
7.2.4 植物體表和體內的微生物
7.2.5 動物體表和體內的微生物
7.2.6 工農業產品中的微生物
7.2.7 食品環境中的極端微生物
7.3 微生物與生物環境問的相互關系
7.3.1 互生關系
7.3.2 拮抗關系
7.3.3 共生關系
7.3.4 寄生關系
7.3.5 捕食關系
7.4 微生物污染食品的途徑
7.4.1 內源性污染
7.4.2 外源性污染
7.4.3 食品中微生物的消長
復習思考題
第8章 微生物與食品釀造
8.1 釀造食品概述
8.2 細菌與食品釀造
8.2.1 乳酸菌與發酵蔬菜制品
8.2.2 乳酸菌與發酵乳制品
8.2.3 納豆菌與發酵豆制品
8.3 真菌與食品釀造
8.3.1 霉菌與發酵豆制品
8.3.2 曲霉與茶葉發酵
8.4 微生物與酒釀造
8.4.1 白酒釀造
8.4.2 黃酒釀造
8.4.3 啤酒釀造
8.4.4 葡萄酒釀造
8.5 微生物與調味品釀造
8.5.1 醬油釀造
8.5.2 食醋釀造
8.6 微生物與肉品發酵
8.6.1 肉品微生物菌群
8.6.2 肉類發酵劑
8.6.3 肉品發酵生態學
8.6.4 發酵肉制品的微生物生物化學
8.7 釀造食品的微生物危害
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